FAMD


Fingerprint Analysis with Missing Data (FAMD) é uma pequeno programa que aborda resoluções de problemas com dados faltantes em dados domindantes provindo de marcadores como AFLP, RAPD, ISSRs. Aguns dos objetivos do programa são:

  • cálculo da similaridade (des) mínima / máxima / média de Jaccard, Dice, Nei e euclidiana
  • produção de matrizes de distância
  • estimativa do índice de Shannon por bootstrapping.
  • UPGMA, NJ e as árvores de consenso estrito
  • PCoA (análise de coordenadas principais) e visualizador 3D com suporte bitmap e metarquivo
  • AMOVA para todas as medidas implementadas (dis) similaridade
  • Exportação de dados para uma série de formatos como Nexus, Arlequin projeto, hindex, Hickory (Nexus), GenePop, NTSYSpc, Structure
  • Estimação bayesiana da freqüência populaçional do alelo nulo e cálculo de distâncias inter-populacionais