Este programa é descrito em Ritland (2002 Heredity). MLTR faz uma estimativa do sistemas de acasalamento, utilizando dados de marcadores genéticos. Inclui métodos para caracterizar cruzamentos endogâmicos, permite que os números arbitrários de grupos, locos, alelos (descritos no Ritland 2002). Permite utilização de dados de megagametófito, marcadores dominantes, erros de genotipagem, e em nível individual estimativas com método de estimadores momento (dados dominantes não incluídos neste caso).
