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:::MStools:::
Excel Microsatellite Toolkit é um suplemento de Microsoft® Excel que contém ferramentas para geneticistas de populações que trabalham com microssatélites.
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:::STRUCTURE:::
O programa STRUCTURE é um pacote para utilizar os dados genéticos multi-locos para investigar a estrutura da população. Ele infere sobre a presença de populações distintas, atribuindo indivíduos a essas populações, definindo zonas híbridas e migrantes (inclusive a geração em que a migração ocorreu), estimando as frequências alélicas das populações em situações em que muitos indivíduos são migrantes, ou híbridos. Pode ser aplicado para a maioria dos marcadores genéticos mais usados, incluindo SNPs, microssatélites, e AFLPs.
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Para visualizar qual é o número de agrupamentos que melhor se enquadra nos seus dados, acessar:
STRUCTURE Harvester
:::NewHybrids:::
NewHybrids implementa um amostrador de Gibbs para estimar a probabilidade de que os indivíduos da amostra geneticamente incluídos em cada um dos conjuntos de categorias definidas pelo usuário seja um híbrido. O método é descrito em Anderson, CE e Thompson, EA (2002) Um método baseado em modelos para a identificação de espécies de híbridos usando dados genéticos multilocus.
:::NeEstimator:::
NeEstimator esttima tamanho efetivo populaçional (Ne) a partir de dados de frequência alélica.
:::MEGA:::
MEGA é uma ferramenta integrada para a realização de alinhamento da sequências de DNA (automática e manual), inferir árvores filogenéticas, bases de dados baseada na web, estimando as taxas de evolução molecular, inferindo sequências ancestrais, e testar hipóteses evolucionistas.
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:::Hickory:::
Hickory implementa o método Bayesiano descrito no Holsinger (1999) para estimar estatísticas F a partir de marcadores co-dominante e o método descrito no Holsinger et al. (2002) para estimar a estatísticas F a partir de dados de marcadores dominantes.
:::GENETIX:::
GENETIX calcula vários parâmetros básicos da genética populacional, como as estatísticas de Nei, Wright, Cockerham e de desequilíbrio de ligação de acordo com a Black& Krafsur.
:::GENEPOP:::
GENEPOP é um conhecido programa de análise de dados em genética de populações, disponível pela internet e para download.
:::GenAlEx:::
GenAlEx é um software para análise em genética de população de dados de marcadores codominantes, haploides e dominantes, sendo aplicado em plantas, animais e microrganismos. Ele funciona utilizando o MIcrosoft Excel.
:::GDA:::
GDA é um programa que analisa dados de genética de população e estima ligação genética, Equilíbrio de Hardy-Weiberg, distâcias genéticas e também estimadores das estatísticas F.
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:::FSTAT:::
FSTAT é um pacote computacional para PC que estima e testa diversidade genética e outras estatísticas a partir de marcadores moleculares codominantes. Ele utiliza tanto os estimadores de Nei quanto os de Cockerham para diversidade genética e estatísticas F.
:::Cervus:::
Cervus é um pacote de software que realiza análises de parentesco em populações de plantas e animais. Ele combina um método robusto baseado em probabilidade com uma interface gráfica simples e têm sido usado por milhares de cientistas no mundo todo desde 1998.
:::Bottleneck:::
Bottleneck é um programa feito para detectar reduções no tamanho efetivo populaçional a partir de dados de frequência alélica.
:::BayesAss:::
BayesAss é um programa que calcula as taxas de migração recente entre as populações utilizando MCMC. Ele também estima ascendência imigrante de cada indivíduo, a geração em que a imigração ocorreu (isto é, o indivíduo pode ser designado como um imigrante de um determinado população, um não-imigrante, ou os filhos dos imigrantes e não imigrantes). BayesAss requer dados diplóides, e pode ser usado para sistemas genéticos, tais comomicrossatélites, RFLP, SNPs, e isoenzimas. O método pressupõe níveis relativamente baixos de migração,e a proporção de indivíduos em uma população migrante não pode exceder 1/3 da população total de cada geração. Locos são considerados em equilíbrio de ligação, mas desvios Equilíbrio de Hardy-Weinberg são permitidas. O método não verifica a presença de alelos nulos, e sua ocorrência pode afetar negativamente os resultados. As estimativas são mais precisas quando um grande número de locos são utilizados, tamanho da amostra é grande, e diferenciação populacional é alta.
:::Arlequin:::
Arlequin é um programa de genética de populações capaz de analisar grandes quantidades de amostras de dados moleculares (RFLPs, sequências de DNA, microssatelites), mantendo a capacidade de analisar dados genéticos convencionais (padrão de dados multi-locus ou dados de frequência dos alelos).
Vários métodos de analise genética de populações são utilizados, tanto intra-populacionalmente até o nível inter-populacional, sendo apresentados em uma interface gráfica de fácil utilização.
Obs: o manual do software é muito bom e completo!
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Vários métodos de analise genética de populações são utilizados, tanto intra-populacionalmente até o nível inter-populacional, sendo apresentados em uma interface gráfica de fácil utilização.
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:::AFLP-SURV:::
AFLP-SURV realiza estimativas de diversidade genética e estrutura genética de amostras de população analisada com AFLP ou métodos RAPD e calcula matrizes de distância genética entre as populações. O programa começa por calcular as freqüências alélicas em cada locus em cada população, assumindo que eles são dominantes e têm apenas dois alelos (um alelo dominante marcadores de codificação para a presença de uma banda em uma posição determinada, e um alelo recessivo nula de codificação para a ausência de a banda).
O utilizador tem de especificar se Hardy-Weinberg proporções genotípicas podemser assumidas, ou ao contrário se o organismo é completamente homozigotos nos loci marcadores (espécies altamente auto-fertilização ou espécie haplóide), ou, alternativamente, se existem alguns desvios conhecidos de Hardy-Weinbergproporções genotípicas. Com base nestas estimativas das freqüências alélicas, o programa utiliza a abordagem de Lynch e Milligan (1994) para estimar a diversidade genética e estrutura genética da população, que utiliza a heterozigosidade média esperada dos locos, ou a diversidade de Nei como medida de diversidade genética.
O programa também produz matrizes de pares de distâncias genéticas entre populações (com bootstrap) e dos coeficientes de parentesco entre os indivíduosem pares, e faz vários testes de significância baseado em permutações aleatórias. Ele também calcula a correlação entre tamanhos de fragmentos de AFLP e freqüências quando os tamanhos dos fragmentos são fornecidas a fim de testar a ocorrência de homoplasia.
:::Formatomatic:::
Formatomatic cria infiles para vários programas em análise de genética de população a partir de arquivos no formato do GenePop ou converter (Excel). Ele funciona apenas com dados de microssatélites em organismos diplóides.
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:::CREATE:::
CRIATE é um software para a criação de dados de entrada genéticos para 62 programas de software de análise. Os programas são agrupados nas áreas: reconstrução de irmandade, atribuição de parentesco, tamanho efetivo populacional, genética quantitativa, análise geraldos dados genéticos e aplicações especializadas genética. CRIATE é capaz de ler dados de texto, Microsoft Excel e Microsoft Access e permite que o usuário especifique colunas contendo identificadores dos indivíduos e da populações, dados do nascimento e morte, dados de sexo, relacionamento e dados de localização espacial.
:::Convert:::
Convert é um programa 32-bit do Windows que facilita a transferência imediata de dados genotípicos diplóides co-dominantes, entre pacotes de software genéticos comumente usados . CONVERT lê arquivos de entrada no formato de seu próprio "padrão" de dados, facilmente produzidos a partir de um arquivo Excel de diplóides, com dados de marcador co-dominante, os formatos de programas: GDA,GENEPOP, Arlequin, POPGENE, Microsat , PHYLIP e STRUCTURE.
Convert também pode ler arquivos de entrada em formato GENEPOP. Além disso, CONVERT pode produzir um quadro-resumo das freqüências alélicas em que alelos privados e os tamanhos de amostra em cada loco são indicados.
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