AFLP-SURV realiza estimativas de diversidade genética e estrutura genética de amostras de população analisada com AFLP ou métodos RAPD e calcula matrizes de distância genética entre as populações. O programa começa por calcular as freqüências alélicas em cada locus em cada população, assumindo que eles são dominantes e têm apenas dois alelos (um alelo dominante marcadores de codificação para a presença de uma banda em uma posição determinada, e um alelo recessivo nula de codificação para a ausência de a banda).
O utilizador tem de especificar se Hardy-Weinberg proporções genotípicas podemser assumidas, ou ao contrário se o organismo é completamente homozigotos nos loci marcadores (espécies altamente auto-fertilização ou espécie haplóide), ou, alternativamente, se existem alguns desvios conhecidos de Hardy-Weinbergproporções genotípicas. Com base nestas estimativas das freqüências alélicas, o programa utiliza a abordagem de Lynch e Milligan (1994) para estimar a diversidade genética e estrutura genética da população, que utiliza a heterozigosidade média esperada dos locos, ou a diversidade de Nei como medida de diversidade genética.
O programa também produz matrizes de pares de distâncias genéticas entre populações (com bootstrap) e dos coeficientes de parentesco entre os indivíduosem pares, e faz vários testes de significância baseado em permutações aleatórias. Ele também calcula a correlação entre tamanhos de fragmentos de AFLP e freqüências quando os tamanhos dos fragmentos são fornecidas a fim de testar a ocorrência de homoplasia.
