LDNe é um programa que implementa uma correção do viés de estimativas do tamanho efetivo da população (Ne) com base em dados de desequilíbrio de ligação. O programa suporta um grande número de amostras, os indivíduos, loci, e alelos, bem como dois sistemas de acasalamento. LDNe calcula estimativas usando diferentes critérios para a exclusão de alelos raros, o que facilita a avaliação de dados de marcadores altamente polimórficos, como microssatélites. O programa usa o método de Burrows, que não necessita de pré-suposições sobre acasalamento ao acaso, informações ou freqüências haplotípica. O programa também usa o método jackknife para a obtenção de intervalos de confiança.
